Die Inseln der Kornaten bestehen aus wasserdurchlässigem und wasserlöslichem Kalkstein. Diese geologische Beschaffenheit führt dazu, dass jeglicher Niederschlag umgehend versickert, so dass es keine oberflächigen Wasserläufe gibt. In dieser verkarsteten Ödlandschaft existiert kaum eine Flora. Karge, spärlich mit Gräsern bewachsene Geröllfelder bilden das hiesige Erscheinungsbild. In wenigen Senken konnte sich über die Jahrhunderte etwas Erde ablagern, wo man kleinere Bäume und Sträucher vorfinden kann. In diesen Bereichen findet man ab und an bei geschützten Buchten auch kleinere Ansiedlungen vor. Neben Oliven- und Feigenbäumen wird hier auch Wein angebaut.
Das primär in Zisternen gesammelte Regenwasser dient als Wasserversorgung. Die Fischgründe bei den Kornaten zählen zu den fischreichsten im gesamten adriatischen Meer. Das in dieser Region vorherrschende Klima ist von langen Trockenphasen und unregelmäßigen Niederschlägen geprägt. Die sogenannten Kornati "Kronen" (Klippen), die Richtung offenes Meer ausgerichtet sind, gehören zu den Highlights des Nationalparks. Die höchsten Klippen findet man bei den Inseln "Otok Klobucar" (ca. 80 Meter) und "Otok Mana" (ca. 65 Meter). Auch unterhalb der Wasseroberfläche erstrecken sich die Klippen oftmals in Tiefen über 100 Meter, eine der tiefsten befindet sich bei der Insel "Otok Piskera".
